As usinas Henry Borden e Piratininga são despachadas centralizadamente, obedecendo as determinações do ONS - Operador Nacional do Sistema Elétrico. Com antecedência mínima de um dia, em relação àquele em que será implementado, é feito o programa de geração, definindo a geração horária em cada uma das usinas.

As usinas de Rasgão e Porto Góes são despachadas visando obter a máxima disponibilidade em cada hora, mas também têm sua geração programada diariamente.

A programação de geração na Usina Henry Borden considera, além das disponibilidades das unidades geradoras, o controle do armazenamento do Reservatório Billings e as solicitações de atendimento feitas pelo ONS para reduzir déficits de geração no Sistema Interligado. Atualmente, com as restrições ambientais que proíbem o bombeamento de águas poluídas para o Reservatório Billings, essa usina vem operando com cerca de 10% de sua capacidade. Entretanto, sua geração máxima no horário de maior consumo de energia elétrica é de fundamental importância para o Sistema Interligado.

O despacho de geração na Usina Termoelétrica Piratininga é definido pelo ONS, baseado nos custos dos combustíveis comparados com o valor da água, ou seja, a usina somente é despachada quando o custo em R$/MWh determinado por seu consumo de combustíveis for inferior ao valor da água naquele momento. O ONS indica, através de modelos matemáticos de determinação de preços, quais usinas térmicas devem ser despachadas e o montante de geração que deve ser obtido em cada uma delas. A EMAE elabora o programa diário de geração, através de um sistema computacional que interliga as várias empresas geradoras de energia elétrica e o ONS.