A EMAE possui três embarcações em três pontos de travessia do Reservatório Billings. O sistema de balsas é gratuito e conta com operadores, trabalhando em turnos de três horários para que a travessia esteja à disposição da população diariamente durante 24 horas. A Balsa Bororé parte do bairro do Grajaú, zona sul da Capital, rumo à Ilha do Bororé. Da Ilha do Bororé sai a Balsa Taquacetuba em direção a São Bernardo do Campo. A Balsa João Basso transporta a maior quantidade de passageiros e chega ao Riacho Grande, também em São Bernardo do Campo.